Główną częścią konstrukcji prawnej podatku VAT jest oczywiście instytucja zwrotu podatku, a więc pewnego rodzaju kredytu danego przez podatnika Skarbowi Państwa. W przypadku kiedy kwota należnego podatku naliczonego dokładnie w okresie rozliczeniowym jest wyższa niż kwota podatku, który jest należny, podatnik może obniżyć o tą kwotę podatki, które będzie płacił za kolejne okresy lub poprosić o zwrot różnicy na własny rachunek bankowy. Wskazane przypadki rodzące po stronie podatnika możliwość do uzyskania zwrotu nadpłaconego podatku kształtują również charakter tego zwrotu, ponieważ może to być bowiem zwrot o charakterze pośrednim lub bezpośrednim. Pierwszy polega na zmniejszeniu o kwotę nadpłaconego podatku (podatku naliczonego nad należnym) podatku należnego do zapłaty w następnych okresach czasu.. Przy zwrocie bezpośrednim instytucja podatkowa musi dokonać przelewu kwoty nadwyżki podatku na podany przez podatnika rachunek bankowy w terminie nie dłuższym niż 60 dni od złożenia rozliczenia.